macOS MojaveではSSDに加えて、Fusion DriveおよびHDDでもAPFSがサポートされたということで、Time Machineで使っているHDDはどうなるのかと思ったら、相変わらずTime MachineはAPFSフォーマットのHDDにはバックアップを作成できないとのこと。

Mac の Time Machine に使用できるディスクの種類 - Apple サポート

重要：HFS+ または APFS フォーマットのディスクから HFS+ ディスクへのバックアップはできますが、「Time Machine」で APFS フォーマットのディスクにバックアップを作成することはできません。APFS としてフォーマットされたバックアップディスクを選択すると、「Time Machine」では HFS+ として再フォーマットします。